Почему moonlight лучше, чем silverlight

Потому что из него [теоретически] можно вызвать legacy приложения, и никто не сможет остановить. Неясно, насколько это трудоемко на практике.

А вот на Silverlight так не получится:

http://forums.silverlight.net/forums/p/123673/278592.aspx

[Ъ]
Q: Critical code can do Win32 API calls.
Can I use Critical code in my silverlight solution?
Maybe I need give some permission for my code?

A: By design, Silverlight is a cross-client, cross-OS (operating system) so does not not have access to native client API methods.
Unless you're on the Silverlight team and are working on the Silverlight runtime, you're getting no where close to Win API
[!Ъ]