LINUX.ORG.RU
ФорумTalks

GAMESS version March 25, 2010 R2


0

0

GAMESS-US - широко известная в узких кругах программа для квантовохимических вычислений. Специфична огромным спектром методов, давней историей (с 1 октября 1977 года), специфичной лицензией, дающей право на бесплатное получение и модификацию исходного кода, но не дающей права на распространение. Написана на фортране-77.

В новой версии:
Новые фукционалы DFT: семейство B97/HCTH, CAM-B3LYP, семейство wB97,TPSS и M08. Появились дополнительные возможности в вычислениях методом связанных кластеров: EA-EOM или IP-EOM методы для сродства к электрону и потенциалов ионизации. Модель растворителя PCM теперь может использовать гетерогенные диэлектрики, появились градиенты для MP2 и TD-DFT с закрытой оболочкой (ранее можно было проводить оптимизацию геометрии этими методами только в вакууме). В методе квантовохимических фрагментов (FMO) появились TD-DFT в вакууме и ядерные градиенты с использованием PCM, кроме того теперь можно рассчитывать молекулярные орбитали и их энергии для всей системы в целом (FMO/F). Может быть проведен анализ с разложением энергии с использованием локализованных орбиталей для очень общих типов волновых функций в каждой подсистеме.

Особое внимание было уделено упрощению процесса компилляции, особенно на высококлассных машинах и кластерах, основанных на Infiniband, также был улучшен DDI messaging layer.

Подробности

Перемещено annoynimous из Linux General



Последнее исправление: annoynimous (всего исправлений: 2)

gfortran/linux32 - полет нормальный (то есть все встроенные тесты были пройдены).

ambivalentno
() автор топика

Опаньки!

Меньше всего я ожидал увидеть анонс данной программы на ЛОРе. Не уверен, что ему (анонсу) здесь место.

annoynimous ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от annoynimous

Почему?
Вероятно, среди местного населения есть некие администраторы неких кластеров - авось увидят да обновят. И потом, вроде бы не оффтопик - компилируем и радуемся квантовой химии на линуксе. Народу, особенно школьникам, будет полезно.
К тому же, в lor-faq GAMESS упомянут (правда, для молекулярной динамики - но и это же им можно делать, не так ли?).

Да и куда писать? На chemport?

Также полагаю, у кого-то может вызвать возражения дата в названии - согласно заявлениям разработчиков это «просто часть названия», а багфиксы вносятся постоянно.

А еще я потестил и убедился в том, что еще и FMO с открытыми оболочками заработало. Теперь буду обводненные радикалы считать.

ambivalentno
() автор топика
Ответ на: комментарий от ambivalentno

> компилируем и радуемся квантовой химии на линуксе. Народу, особенно школьникам, будет полезно.

С учетом того, что квантовая химия в former-USSR вузах изучается не ранее 3-го курса, а в западных составляет содержание Advanced курсов, то пассаж про школьников становится забавным.

Ну и поглядите на активность комментаторов. Обычно даже в неподтвержденных новостях за сутки скапливается десяток-другой комментариев той или иной степени содержательности, а в этой новости мы пока одни. Что как бы указывает на охват целевой аудитории :)

annoynimous ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от annoynimous

Ну так надо расширять целевую аудиторию.

dn2010 ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от annoynimous

из списка undergrad курсов: CHM 345 Physical Chemistry I. Introduces quantum chemistry with application to electronic structure and dynamics of atoms and molecules. http://chemistry.asu.edu/undergrad/Courses.asp

А может какой-нибудь юный гений сейчас читает linux.org.ru и думает «чему бы жизнь посвятить», не находит этой новости и вместо фортрана-77 начинает изучать всяческое новье.

А насчет активности - ну так надо же сеять разумное, доброе, вечное))

ambivalentno
() автор топика

Я подумал тщательно и пришел к выводу, что новость совсем не в тематике linux.org.ru:

GAMESS не является свободным программным обеспечением, у него академическая лицензия, разрешающая бесплатное использование в образовательных/исследовательских целях. Т.е. к СПО не имеет отношения.

GAMESS не linux-специфичный софт и работает на куче платформ помимо linux.

GAMESS не является программой общего назначения, а предназначен для узкоспециализированной деятельности (квантовая химия), поэтому большей части аудитории ЛОРа неинтересен.

GAMESS не является системной программой/библиотекой linux.

Короче, никаким боком linux/СПО/коммерческие программы общего назначения к GAMESS'у не относятся. Поэтому переезжаем, как минимум, в Talks.

annoynimous ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от annoynimous

А если я по mpqc новость сгенерю - подтврдят ли ее? «MPQC is open-source software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License»

ambivalentno
() автор топика
Ответ на: комментарий от ambivalentno

Three features distinguish it from other quantum chemistry programs such as GAUSSIAN and GAMESS: it is open source, has an object-oriented design, and is created from the beginning as a parallel processing program.

ambivalentno
() автор топика
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.