Собирать пакеты в /usr, а не в /usr/local ?
очевидно же, что ситуация, когда систему можно свести к свежеинсталлированной уделением /usr/local - близка к идеальной.
когда ничего не попортищь, ведь файлы из /usr имеют приоритет, когда не перепишешь нужного файла, почему-то писутствующего в двух пакетах.