Поставил ядро с включённым планировщиком BFS (kernel26-bfs в aur). Заметил 2 вещи:
1. iowait bug пропал: система больше не виснет рандомно на 1-2 минуты с огромной долей iowait в top.
2. всё работает гораздо шустрее - открывание софтин, интерфейс и т.п.
Попробуйте, возможно и ваши проблемы решит.