Сабж таки разрешил держать у себя на яндекс.диске зашифрованные файлы.
В новой редакции правил выпилили пункт
5.2. При использовании сервисов Яндекса Пользователь не вправе:
<...>
5.2.12. ограничивать — с помощью пароля или иным способом — доступ к файлам, размещенным Пользователем в рамках сервисов, в т. ч. использовать архивы с паролями.
Дискасс
!Ъ : старые правила- https://legal.yandex.ru/rules/05042012/
Новые правила- https://legal.yandex.ru/rules/