Гентушники запилили (пилят) поддержку отдельного /usr без initrd через бинарник busybox в корне (init=/ginit). Монтирует в RO и потом может передернуть fsck, но там какой-то баг в нем. Как я понял, оно будет работать даже после переноса всего в /usr.
Ссылка: http://archives.gentoo.org/gentoo-dev/msg_978b2222cb87ec028fee65dc29eedbdb.xml