В новой версии Skype под Linux при соединении двух клиентов используется кодек H.264 для видео вместо свободного VP8, который используется в Windows. Напомню, что в версии 2.2 по умолчанию использовался старый «умолчальный» несвободный VP7, H.264 использовался лишь для совместимости с мобильными клиентами.
Стоит отметить, что качество и нагрузка на CPU от этого только выиграли (VP8 славен своим тормозным кодеком при посредственном результате в realtime режиме). Остаётся непонятной наличие (или нет) поддержки VP8 в Skype v.4 для Linux.
P.S. #1 Будет интересно, если кто-то доложит о ситуации созвона Skype для Linux + Skype для Win/Mac.
P.S. #2 Ещё происков проприетарщины: Empathy (родной jabber-клиент для Gnome) при видео-звонках с недавних пор тоже использует H.264 в качестве кодека по-умолчанию (раньше была Theora).