Некоторые возможности NTFS не поддерживаются в ReFS, включая именованные потоки файлов, NTFS Distributed Link Tracking (DLT), короткие имена файлов в формате 8.3, сжатие файлов, шифрование на уровне файлов Encrypting File System, Transactional NTFS, жесткие ссылки, extended attributes, и дисковые квоты. Разреженные файлы не поддерживались в бета-версиях, но поддерживаются в RTM. В ReFS нет самостоятельной поддержки дедупликации. В Windows Server 2012 не поддерживается загрузка с ReFS.