Начиная с последней версии GTK+3, функция paste средней кнопкой мыши отключена по умолчанию для всех приложений. Пока ещё можно вернуть. Для этого надо создать файл ~/.config/gtk-3.0/settings.ini и вписать в него следующее:
[Settings]
gtk-enable-primary-paste=true
Не удивлюсь, если через пару минорных релизов и эту возможность выпилят. Потому что она «too complicated, confuses the user and doesn't work with touch».
UPD. пруфы: вот здесь вводят параметр gtk-enable-primary-paste, а здесь отключают его по умолчанию.
