Структура проекта на Django

По-разному. Но в two scoops неплохая заготовка, насколько я помню.

В книжке структура под конкретные задачи.
Если у тебя нет описанных там проблем с поддержкой и деплоем - не заморачивайся.

Вообще по разному, ведь много зависит от сложности и размера проекта.

Я для простого сайта обычно делаю:

project
├── apps
├── base
├── deploy
├── public
├── static
└── templates

Есть большой проект, где несколько фронтендов и отдельно еще для андроида api:

project
├── admin
├── android
├── docs
├── front1
├── front2
├── front3
├── kernel
├── libs
├── logs
└── mobile