apache ubuntu 16.04 как добавить субдомен из php-демона?

1. положить конфиг в /etc/apache2/sites-enabled (или в /etc/apache2/sites-available и сделать симлинк в /etc/apache2/sites-enabled)
2. вызвать команду systemct reload apache2

у демона должны быть соответствующие права

PS: очень не советую давать права на запись в /etc/apache2, если демон каким-либо образом доступен по сети