Сайты, которые я делаю (фриланс), хранятся в svn.
Когда заказчик удолетворен результатом, сайт выкладывается на сервер - через svn checkout. Далее, если вносятся какие либо изменения, мне достаточно сделать svn update -r РЕВИЗИЯ и получить актуальную версию на "боевом" сервере. Прямой доступ к папкам .svn закрыт через mod_rewrite.
Недавно прочитал в одной книжке, что держать на сервере метаданные svn (cvs, да чего угодно) - небезопасно.
Кто в курсе, может объяснить почему?