Короче, я тут обыскал гугл и вырвал много волос из мест, где у меня волосы произрастают, но внятной информации не нашел на эту тему, но потом решил ее сам.
В общем, когда занимаешься разработкой, то хорошо и полезно, чтобы скрипты исполнялись от твоего имени и не надо было мучаться и колдовать с правами на каталоги, куда твое приложение должно писать (а потом переносить потенциальные дырищи на продакшен в виде 0777 на некоторые каталоги и т. п.).
Можно стартовать веб-сервер от своего имени, на своем порту. Это хлопотно.
Можно использовать suexec, но вот беда, там все захардкодили, что можно, пересобирать лень, и отказываться от привычки складывать все в ~/git или ~/workspace, кому что, не хочется.
Ну в общем, если машинка своя и есть рутовый доступ, то ларчик просто открывается:
mount -o bind /где/вебрут/моего/приложения /var/www/приложение
это если в suexec зашит /var/www в качестве дефолтного пути.
Само собой, можно это дело прописать в /etc/fstab, и все будет вообще зашибись. Можно спокойно сосредоточиться на программировании, а не администрировании.
Можно еще использовать mpm-itk, но это неофициально, всегда на пару версий позади и с мутными перспективами.