Прикладная некромания

Годы на расшифровку тратятся потому, что за один прогон секвенирования считывается ~1-5кб генома. А размер генома напр. человека ~3Гб. Вот и считайте, сколько нужно работы, если за день можно успеть пару прогонов (это не учитывая геноинженерную подготовку исходного материала).

HiSeq 2500 за запуск читает до 1000 Гб. Правда запуск длится неделю. А потом из этих 4 миллионов строк по 150 символов надо еще что-то собрать.

вот это и есть ресурсоёмкость задачи. и Tk тут ни при чём.

Чота вы путаете - до 1Gbp, потому как 4М*150 ну никак не 1000Gbp. И опять же - на входе ж не гекконы давленые :) ну и стоимость такого запуска виловая.

Ну во-первых в сабже не сборка сиквенсов. Во-вторых, геномы не так часто сиквенируют, чтобы назвать это рутинными ресурсоемкими задачами. В-третьих, такую работу на интерпретаторах делать моветон. Типичная числодробилка для Цэ.

Ну да, миллиарда, а не миллиона. Тут важнее что на выходе. Не забываем что алгоритмы парного выравнивания требуют памяти квадрат от длины последовательности. А в случае множественного выравнивания или построения деревьев начинается жуткая многомерная поебота.

Дык не одновременно же праймер гонят по всем семплам ДНК. Или там в 100500 потоков обсчёт? Йопсель, такие расчеты гораздо раньше 2004го делали. Я напр. с PCR ковырялся ещё в начале 90х.

Ну например у конкурента пашут 4ре теслы в параллели пару часов, а там на вход всего-то 8 гб.

Йопсель, такие расчеты гораздо раньше 2004го делали. Я напр. с PCR ковырялся ещё в начале 90х.

Праймеры можно и на бумаге нарисовать. И с вероятностью 95% они будут специфичными и без димеров. Тут вопрос в том чтобы сделать видоспецифичные праймеры к консервативному гену. А значит нужно сделать праймеры, гарантированно не совпадающие с последовательностями других известных бактерий.

Если задачу не оптимизировать, то загрузить можно любые мощности.

Касательно «на бумаге» - был печальный опыт с таким подбором, вылившийся в бесполезно потраченные ресурсы и время.