Как и у любого языка программирования, у PHP и у Perl'a есть свои положительные стороны и недостатки. Автор статьи предлагает своё видение того, когда их стоит использовать, а когда нет.
Очевидно, что автор не считает PHP "правильным" языком для построения Web сайтов и предлагает писать на нём только их предварительные версии, которые впоследствии будут переписаны с использованием, например, Java.
>>> Perl
>>> PHP