Gnome Chemistry Utils 0.8.6

Выглядит довольно неплохо. Приятно, что появляется всё больше хороших программ в специфичных сферах.

Оно, на самом деле, 2 года назад появилось и особой специфичности в себе не несет. Но програмка приятная и для образования может пригодиться.

Я всегда знал, что гномеры уделяют большое внимание веществам...

>Прорисовка трехмерной сцены за пределами экрана больше не приводит к краху программы, но может не всегда корректно работать на некоторых архитектурах.

А зачем эту область прорисовать? Клиппинг не освоили?

Как мне под gentoo поставить????/?

Хмм.. Очень неплохо..

посмотри на http://overlays.gentoo.org
мож там ebuild есть
нету - напиши и залей :)

http://www.gentoo.org/proj/en/devrel/handbook/handbook.xml?part=2&chap=1
http://gentoo-wiki.com/HOWTO_Create_an_Updated_Ebuild

кдекапец! :)

Да уж, куда нам, мы если вещества и употребляем, то на язык, по старинке)

>А зачем эту область прорисовать? Клиппинг не освоили?

+1

Велосипед. Давно есть kalzium.

В репозитарии нет, официальный сборок тоже. Вывод: в топку. Авторы пусть сами играют в компиляторщиков.

> Gnome Chemistry Utils - набор утилит, включающий в себя химический калькулятор, средства просмотра строения молекул и кристаллической решётки, использующие OpenGL, а также периодическую таблицу химических элементов.

Мигель вещества готовит себе ?

А не, вру, в репозитарии есть gcu-bin, древне версии. Вот так всегда или дрочить компилятор как красноглазик или жрать старье из репозитария, а автором плевать они сорс выкинули, а что с ним будет делать конечный пользователь их ниипет. Джастфофан, опенсорс, вашу мать, тьфу.

> Давно есть kalzium.

Который обновляется ещё реже, и из которого много повыкидывали в последних версиях :(

> Который обновляется ещё реже, и из которого много повыкидывали в последних версиях :(

Версию в KDE4 видел ?

>> Давно есть kalzium.

>Который обновляется ещё реже, и из которого много повыкидывали в последних версиях :(

А как насчет chemtool

Вытянуло несколько десятков мегабайт кусков гнома, пересобрало imagemagick, установило goffice и в итоге не собралось. Остаюсь на Platon, жду официального ебилда :)

> А как насчет chemtool

Для моих задач не подходит. Chemtool предназначен для рисования отдельных молекул, а Gnome Crystal, судя по скриншотам, умеет рисовать и куски периодической структуры. Хотя, думаю, Chemtool-ом хоошо пользоваться как простым векторным редактором :)

Platon не очень удобен. А ты структурщик или так?

> Версию в KDE4 видел ?

На скриншотах выглядит неплохо... А какие форматы файлов понимает? Интересуют CIF, SHELX .ins и ICSD .z .

> Platon не очень удобен.

Привёл для примера. В смысле что даже графическая часть платона лучше несобирающейся программы :)

Обычно мы используем Atoms или Diamond под оффтопиком. Atoms и под wine работает, вроде и Diamond под последними заработал.

> А ты структурщик или так?

5 структур в базе ICSD. Но, пожалуй, "так", grant-in-aid мне не дадут :)

VMD рулит. Уверен, что в этой гномовской поделке нет и 10% того, что умеет VMD,

Если честно, то до HyperChem'а (http://www.hyper.com/) ему ещё очень далеко. Все мои знакомые химики считают только на HyperChem'е. Поэтому Linux появится на их Desktop'e еще не скоро.

Интересно есть ли под HyperChem аналог здесь. Такой например, как Octave и MatLab. Просто интересно узнать.

> 5 структур в базе ICSD. Но, пожалуй, "так", grant-in-aid мне не дадут :)

Ну чтож, коллеги значит. Я уже 6 лет как структурщик. Тоже пльзуем Diamond под ... Если не секрет, то ты где? Я в ИНЭОС.

При расшифровке и уточнении структур для визуализации пускаю под wine
xp из пакета shelxtl. Пока лучше ничего не нашёл.
Diamond под wine у меня не запускается, пишет:

X Error of failed request:  GLXBadDrawable
 Major opcode of failed request:  128 (GLX)
 Minor opcode of failed request:  5 (X_GLXMakeCurrent)
 Serial number of failed request:  359975
 Current serial number in output stream:  359975

Хм ну... Конечно просмотрщик структур нужен, да вот только таких "комбайнов" для квантовой химии хоть пруд пруди.. Для наиболее распространённых расчётных программ точно. А вот для кристаллов и иже с ними.. Пришлось даже свою поделку на qt писать. Впрочем, в большинстве случаев дефолтного mercury с головой хватает )

HyperChem несколько для другого. Да и игрушки всё этот HyperChem, ничего серьёзного на нём не посчитаешь.

>Вот так всегда или [skipped] компилятор как красноглазик или жрать старье из репозитария, а автором плевать они сорс выкинули, а что с ним будет делать конечный пользователь их [skipped]

Уважаемый, а как насчет собрать пакет самому или заплатить кому-нибудь чтобы он собрал? Или если опенсорс, значит сразу все нахаляву?

Считающих "на HyperChemе" нужно убивать быстро и насовсем. Это программа не для расчётов, а для рисования и быстрой оптимизации молмехом. Полуэмперика и квантовая химия там тормозные до невозможности.

btw, тот же платон, на самом-то деле, непривычен, но сцуко мощен.

(Я Шпеку вообще удивляюсь - мужик конечно крут и фортрановские исходники одним файлом на 91783 строки - это труЪ. Вот она, старая школа!)

>Полуэмперика и квантовая химия там тормозные до невозможности.

Начиная с восьмёрки он вроде начал поддерживать нормальные считающие движки, судя по слухам.

>В репозитарии нет, официальный сборок тоже. Вывод: в топку.

Вот оно, новое поколение...

Что ж, ему же лучше. Впрочем, за деньги проще купить Gaussian и не мучаться. Впрочем, зачем, когда есть pcgamess ))

>Если честно, то до HyperChem'а (http://www.hyper.com/) ему ещё очень далеко. Все мои знакомые химики считают только на HyperChem'е. Поэтому Linux появится на их Desktop'e еще не скоро.

Вот потому у нас отечественная наука в таком месте и находится.

Ну типа если деньги девать некуда, то можно использовать его как интерфейс к Gaussian. Чтобы не вызывать культурного шока у отечественных "химиков"-виндузятников на их десктопе.

Очень крутая вещь. Теперь гномеры смогут спроектировать себе собственный биореактор.

Есть предложение обсудить набор используемого софта.

У меня сейчас:
рисование и MM: ghemical
расчёты ab-initio: pcgamess
полуэмпирические: MOPAC2007
рисование спектров: gaussum сам спектр, wxMacMolPlt --- какой линии какие колебания соответствуют.
визуализация структуры: Molekel
ну и openbabel чтобы перегонять из одного формата в другой.

> Если честно, то до HyperChem'а (http://www.hyper.com/) ему ещё очень далеко. Все мои знакомые химики считают только на HyperChem'е. Поэтому Linux появится на их Desktop'e еще не скоро.

"Твои знакомые химики" -- это студенты 3-4 курса? Более чем на рисование молекулы гиперкем не пригоден (ну и обучения студенов). Нормальная квантовая химия считается на gamess, molcas, molpro, nwchem, dirac, molfdir, psi, mpqc. Список можно продолжить.

>Нормальная квантовая химия считается на gamess, molcas, molpro, nwchem, dirac, molfdir, psi, mpqc. Список можно продолжить.

Продолжаю: Dalton и Columbus. :)

Кстати, товарищи тема очень кстати пришлась. Никто не компилял оригинальный GAMESS-US? и самое главное не пускал потом параллельные расчёты на нём?

>Кстати, товарищи тема очень кстати пришлась. Никто не компилял оригинальный GAMESS-US? и самое главное не пускал потом параллельные расчёты на нём?

Оригинальный GAMESS-US сейчас актуален скорее как источник кусков кода, которые лень писать самому. Для расчётов как-то pcgamess больше подходит. И распараллеливается он через MPI, хотя и не все алгоритмы.

>Нормальная квантовая химия считается на gamess, molcas, molpro, nwchem, dirac, molfdir, psi, mpqc.

gaussian забыли как мэйнстримное течение? Судя по CCL на нём считает сильно больше народу, чем на всём остальном.

> Есть предложение обсудить набор используемого софта.

Расшифровка и уточнение кристаллических структур: SHELX-97, SIR2004, PLATON.

Визуализация кристаллических структур: Mercury, xp под wine, BS под wine.

Подготовка CIF-файла к депонированию и публикации: enCIFer.

Я компилял и пускаю на двух ядрах!

> Оригинальный GAMESS-US сейчас актуален скорее как источник кусков кода, которые лень писать самому. Для расчётов как-то pcgamess больше подходит.

А что, в PC-GAMESS уже есть UHF-MP2 и ROHF-MP2 с градиентами, CASSCF с аналитическими частотами, DK2/3 и спин-орбита???

> gaussian забыли как мэйнстримное течение? Судя по CCL на нём считает сильно больше народу, чем на всём остальном.

Не забыл. Сознательно не упомянул. Gaussian -- пропиаренное говно, что и как он делает зачастую разобраться невозможно. Плюс ублюдсткая политика использования результатов. В частности, пользователь _не_имеет_права_ сравнивать результаты (и публиковать их) с другими квантовохимическими пакетами. Я считаю, что это вопиющее нарушение научной этики, и всякий уважающий себя ученый должен избегать использовать эту программу.

>Я компилял и пускаю на двух ядрах!

А распараллеливается он у вас через mpi или через sockets?

ddikick, как в стандартной поставке.

Не знаю как в Gentoo, но во FreeBSD это просто:

% cd /usr/ports/science/gchemutils/ && make install clean
(в Коллекции пока что версия 0.8.5_1)

> Если не секрет, то ты где?

Химфак МГУ.

> платон, на самом-то деле, непривычен, но сцуко мощен.

Стандарт де-факто для проверки качества структурных работ. Перед публикацией без него никуда. Только интерфейс для рисования картинок очень неудобный.

> фортрановские исходники одним файлом на 91783 строки - это труЪ. Вот она, старая школа!

Меня потрясло время компиляции. Мгновенно :)