Похоже, что с производительностью в случае SMP у Линукс действительно не все ладно. Посмотрите ссылку
http://www.mindcraft.com/whitepapers/openbench1.html
Если для 1-процессорных систем Линукс не сильно отстал (мягко говоря) от NT4.0, то на 2-х 4-ч процессорных машинах отставание заметно увеличилось. На 4-х процессорной машине он работал только на 43% быстрее, чем на однопроцессорной. А NT увеличила производительность более чем на 100%. Хотя это для ядра 2.2, но вряд ли что-то кардинально изменилось в 2.4.
Может это заказные тесты? А тогда где не заказные?