Перенос системы на новый (меньший) диск

Это возможно, но лучше сначала потренеруйтесь в виртуалке. В принципе командой cp нормально копируется, разве что лучше оставновить все службы, пишушие двоичные данные на диск. Я обычно просто ещё раз монтировал корневой раздел куда-нибудь и оттуда копировал, чтобы были пустые /dev/, /proc/ и т.д., чтобы не заморачиваться с правами/атрибутами SeLinux. Не знаю что будет с файлом journald. И не помню, нужно ли указывать cp дополнительные ключи, чтобы копировались расширенные атрибуты файлов (xattr).

С загрузчиком нужно смотреть. Бывает, что в initramfs прописаны UIDы файловых систем, то есть его нужно будет правильно пересоздать.

Сервер не рядом, никакого IPMI нет.

А вы сможете настроить с какого диска загружаться удалённо?