Порекомендуйте как можно ограничить время выполнения одноразового задания, выставленного командой at. Например, в с slurm можно ограничить время ключем time:
sbatch --begin=now --time=5 ...
Или порекомендуйте простые аналоги этой команды, позволяющее прервать работу задания (команды) по истечению заданного промежутка времени.