При помощи user namespaces можно очень удобно и прозрачно подменить файл для конкретного процесса и потомков: unshare -m, mount --bind replacement original и погнали.
А можно как-нибудь так же классно спрятать файл?
Костыли с копиями директории без этого файла, strace или пляски с LD_PRELOAD, понятное дело, помогут, но хочется хотя бы вполовину так же просто и неинвазивно, как с подменой.
