После загрузки системы не обнаружил на соседнем винте ни одной директории. К счастью все бекапы я скопировал на соседний комп. Хочу ещё заметить, что это происходит второй раз за год.
при sudo smartctl -a /dev/sda
[ 4255.285662] program smartctl is using a deprecated SCSI ioctl, please convert it to SG_IO
Система: Ubunut 10.04
HDD: ATA WDC WD6400AAKS (640Gb)