я понимаю, но мне нужен единый интерфейс пользователя
Ну добавьте к rutorrent помимо кнопочки «add torrent» кнопочку «add file to download». Нажимаем по кнопке, всплывает окошко, в котором вводим ссылку и жмём «add to download», окошко закрывается.
Про rTorrent уже писали. Предложу еще Deluge. Ставишь консоль Deluge + web-морду. Я у себя так делал. Из плюсов решения - к Deluge можно использовать не только web-морду, но и удаленные полноценные клиенты, и с разных машин рулить сервером закачек. Из-за http и ftp не стал бы заморачиваться - wget и простенький скрипт c web-мордой спасет тебя.