отключение носителей

нет, не возможна. Разве совсем неудачно извлечёшь и глюканёт контроллер флешки.

Да, возможна. Например, файловая система, которая при монтировании проверяет, что была отмонтирована корректно, и если нет, стирает произвольный блок на разделе.

какие ФС так делают?

eatmydatafs. ТС же о принципиальной возможности писал, а не ограничил вопрос существующими ФС.

Пугают, что могут быть проблемы со служебкой.

Чаще всего к проблемам приводят сбои питания в тот момент, когда контроллер занят какой-либо внутренней операцией с флеш-памятью. К примеру, записывает туда обновлённые служебные поля или перестраивает транслятор (рутинная процедура для выравнивания износа). Отметим, что индикатор активности при этом не горит, то есть, с точки зрения пользователя, флешка ничего не делает и церемониться с ней необязательно. И вот происходит неожиданное извлечение её из USB-порта, либо случается провал напряжения 5 В (причина — слабый блок питания ПК, а чаще плохой контакт в разболтанном разъёме), или же статика пробивает на корпус, отчего контроллер зависает.
Во всех этих случаях операция записи остаётся незавершённой, а данные во флеш-памяти — несогласованными, что и приводит к неприятным последствиям. Прежде всего, страдает целостность транслятора — в нём образуются дыры, и единообразная адресация нарушается. При следующем включении контроллер обнаружит проблему и заблокирует память. «Сто раз вытаскивал флешку просто так, и никаких проблем, и вот на тебе — такой облом!» — типичная реакция незадачливого владельца.

И какое это имеет отношение к монтированию ФС?

Потому что это ответ на вопрос ТС

Тут, конечно, вопрос, что имел в виду ТС — просто отмонтирование или с командой suspend. И, насколько я понимаю, последние версии оффтопика suspend не делают. А понимает ли контроллер, что флэшка отмонтирована..?

А понимает ли контроллер, что флэшка отмонтирована..?

Монтирование - это абстракция уровня ОС, а не железа. Контроллер об этом понятия не имеет.