Есть приложение,которое установило .desktop файл в /usr/share/applications. В нем прописана иконка, но ее название не совпадает с именем иконки в /usr/share/icons/. Можно, в общем то, поправить этот desktop файл, но приложение обновится и придется все делать заново.
Может можно куда то скопировать этот desktop файл в домашнюю директорию, чтобы он переопределял тот, что ставится вместе с программой ?