Уменьшить звук спикера материнской платы

Никак, дело в физическом устройстве спикера.

кусочек ваты в динамик, программно только частота и длительность пищания.

Ага, значит копать в настройках материнки. Вата как последний вариант

Вряд ли найдёшь. Почти наверняка динамика съёмный, можно найти потише. Или сопротивление прибавить, если немного. Проще физически заглушить.

В настройках вряд ли, жестко в биосе или програмах прошивается. Один из каналов таймера использовался раньше, вроде третий. Громкость от динамика, расположения и корпуса зависит, их программист угадать не может. Хотя хз, современные биосы дольше ос грузятся, черт знает что там.

Как можно уменьшить звук спикера материнской платы?

Радикально. Накрайняк попробуй заклеить чем-нибудь отверстие на нём.

Оторвать или никак.