Запустить команду в conky

хернёй страдаешь

exec?

Вроде как функция коньков exec, но я уверен что это не то. iotop - штука интерактивная, с псевдоинтерфейсом, а exec вроде как должен запускать команду, ждать её выполнения и потом показать весь её вывод. И так по циклу через timeout.

А функций коньков для отображения интерактивного блока я не знаю, не видел и не слышал. Можете посмотреть в галерее, может увидете что то близкое. Или проще вызывать отдельное окно с терминалом, как вы и делаете.