Есть ли комманда автовосстановления файла при загрузке ОС

Не привязывать таймер к загрузкам а к времени или другим событиям не подверженным сбоям из за неудачной загрузки

Это всё полумеры, нужно юзать 2 копии системных файлов и откатываться на старую при сбое загрузки, как на андроиде.
В U-Boot поддержку сабжа завезли, алсо, никто не запрещает заюзать его для не-андроида, изрядно помордочкотыкавшись.

прописать нужные команды в автозагрузку.
как и куда зависит от системы инциализации системы, можно хоть в инитрамфс засунуть…

Это всё полумеры,

Дык, по сравнению с гильотиной - ага. Которую вы и предложили — сбросить всё наработанное, а не один файлик.

Я ж не хомяк сбрасывать предлагаю.

Я ж не хомяк сбрасывать предлагаю.

Я к чему... Для девайсов, которые либо окирпичиваются или становятся недоступны удаленно по сети, такое решение возможно и хорошо. Но в железку, в которую накрайняк можно даже LiveCD засунуть, сбрасывать все настройки (а не о хомяке речь) в ноль — странная идея.

Поскольку файл системный

Какой конкретно файл.

после первой попытки загрузки Linux

Какой конкретно линукс.

Может есть решение для конкретных данных. А для сферического коня в вакууме и решение весьма сферическое. Например, файл fstab, система *бунту. Можно запустить систему в «живом режиме», при котором она плюет на fstab.

Запретить любые изменения в файле:

chattr +i filename

Добавить в cron задание на копирование файла из источника при каждой загрузке (у меня так же сделана проверка дисков):

@reboot cp /source/file /target/file