Редактирование HTML

> конвертировать файлы из TagSoup во что-нибудь более современное (XHTML)

`tidy(1)`, однако он не всегда даёт результат.

После этого можно пользоваться `xsltproc(1)` для высокоуровневого преобразования структуры.

> 1. корректировать ссылки - заменять бекслеши (\) на слеши (/)

Регвырами — `perl(1)`?

> 2. иметь возможность переместить файл в файловой структуре с измением всех ссылающихся на него ссылок

`find(1)` + `perl(1)`.

> 3. иметь возможность автоматического конвертирования из русскоязычных кодировок (KOI-8r, DOS, Windows-1251, UTF16) в UTF8

`iconv(1)`, `recode(1)`

> 4. иметь возможность просматривать HTML и редактировать его сразу же (в Explorer я могу сделать это ноутпадом, а в Firefox - не понял как)

Через Web Developer Toolbar для Firefox можно («Miscellaneous — Edit HTML»). Только редактор там унылый, проще открыть FF и Emacs, и в браузере тупо жать F5.

> У меня есть много слинкованных HTML-файлов на диске (теперь на флешке). Сотни тысяч.

Если не секрет, что это? Наверное, неудобно с такой кучей работать, может перенести на более высокий уровень представления (и уже из него получать XHTML)?

> Если не секрет, что это?

Компромат, пароли, явки

чтобы HTML распарсить из Java http://java-source.net/open-source/html-parsers