Нужно добавить свои флаги, но не те, на которые расчитан ebuild. В gentoo для сборки используется scons, пример:
scons ${sconsopts} \
sharepath="${GAMES_DATADIR}/d${DV}x" \
sdlmixer=1 \
sdl_only=$(use opengl && echo 0 || echo 1)
ipv6=$(use ipv6 && echo 1 || echo 0)