Запретить создание .Trash-1000 на флешках

если у флэшек файловая система ext* то возможно chattr поможет.

Настроить libtrash.

Зачем тебе её удалять, болезный?

https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=138058
Nautilus должен спрашивать, что делать с корзиной, при размонтировании съёмных устройств.
Или Вас раздражает само наличие директории?

Само наличие, потому, как плеер из-за неё глючит, а флешка не очень большая (5 лет назад покупалась).

Создай файл с таким же названием.

Плеер потому и глючит, что на нем кроме системных папок в корне что-то появляется.

Попробовать всё же стоит, вдруг ему только от папок глюкаво?

Я уже пробовал. Хз, почему его глючит и зачем он сканирует корень.