Полагаю, что имена файлов в UTF-8 у меня в ~255 байтов не помещаются - при создании ISO-образа -joliet-long не помогает.
Какие еще есть варианты?
... have the same Joliet name
Joliet tree sort failed. The -joliet-long switch may help you.
NOTE: multiple source directories have been specified and merged into the root
of the filesystem. Check your program arguments. genisoimage is not tar.