emerge в gentoo

Вообще то это не указывается нигде. Нет, ты конечно можешь распаковать исходники и через configure это сделать (но это уже не emerge). Но зачем такой изврат? Если уж сильно нужно что бы прога лежала не в стандартном месте, сделай линк. Ну а если и это не подходит и ты любитель садо-мазы, то man ebuild!

Вообще-то можно часть процесса сборки выполнить
вручную, а остальную предоставить ebuild.

Т.е. в данном случае можно самому сконфигурировать
исходники чтобы приложение ставилось куда хочется,
а потом сборку и инсталяцию предоставить системе.

За более подробной информацией обращаться
к
man ebuild
man emerge
man portage

Конечно можно еще подправить ebuild файл
и испльзовать

PORTDIR_OVERLAY