Python в моделировании (биология, экология)

Я сталкивался. Мне хватало NumPy + SciPy + Matplotlib.

Применительно к биологии/экологии не сталкивался, по специальности химик-материаловед, мне хватало numpy, matplotlib для визуализации. Есть еще SciPy, там больше алгоритмов именно для научных расчетов, но я не пользовался.

биология слишком размытое определение :) под биоинформатику подходит тонна просто ортогональных областей. Можно просто глянуть примеры тем с хакатона BioHack. И это только малая часть.

Чаще всего питона хватает более чем. Возможно, сгенерировать твои jpeg'и заранее будет проще из R, для которого, внезапно, может существовать нужный пакет.

Про гуй для научного софта я бы несколько раз подумал. Во-первых, сразу надо закладываться на кроссплатформенность. В академии огромное количество людей с макбуками и виндой. Линукс распространен (или даже доминирует) только в некоторых областях.

Во-вторых, имеет смысл сразу закладывать удобную дистрибьюцию - через pip или anaconda.

В-третьих, первые два пункта нередко вызывают кучу гемора. И если цель действительно показать несколько готовых жпегов, нередко проще сделать веб-сервис. Бонусом - есть несколько журналов, которые специально/охотно, принимают веб-сервисы.

говорят anonimous круг так пытался нарисовать. Аж забанили. Не повторяй его ошибок.

Это всего лишь бакалаврская ВКР, остальное, даст Бог, буду в магистратуре доделывать. На нашей кафедре в основном винда у всех, пара энтузиастов держат линукс, но это так, статистическая флуктуация.

Веб-сервис мне уже насоветовали товарищи в оффлайне, но, боюсь, запускаться это будет потом на компьютерах возрастом чуть помладше меня с IE 6.0, поэтому склоняюсь к standalone-приложению.

Ну а сфера - биоиндикация, пожалуй.

Спасибо!!

так заведи собственную виртуалку (благо стоят ну совсем копейки) и держи веб-сервис в ней)

а, или ты про то, что клиенты со старым ie? ну тогда делай веб 1.0 :) верста на таблицах, все дела)

Какого типа моделирование? Моделирование бывает очень разным и непохожим.

Я так понимаю, для научных задач лучше всего выбирать Python?

Кстати, абсолютно ложное утверждение. Для разных задач могут найтись языки по-лучше. Просто очень часто те, кто умеет решать научные задачи, относятся к программированию, так скажем, довольно снисходительно как к некоторому рудиментарному средству, применение которого доставляет непременные мучения... И поэтому ученые и студенты соответствующих направлений часто не умеют и не хотят программировать. Поэтому в лучшем случае такие люди умеют хоть как-то писать на питоне, и то ладно.

Да, и продолжая свой вопрос, у вас не системная динамика и агентное моделирование случайно? На AnyLogic другие решают похожие задачи? (я с AnyLogic никак не связан, если что, но просто у вас такое направление, что такие вопросы возникают в первую очередь)

лорчую сего оратора. питон - это когда надо быстро-быстро накидать что-то работающее и не париться по поводу всякой там производительности и надежности. наговнякать и забыть, что это вообще было

Дело не в языке, дело в тебе.

Я так понимаю, для научных задач лучше всего выбирать Python?

Нет. Матлаб или в некоторых случаях Octave, для статистики есть R. Но не недобыдлопсевдоЯП!

именно! я делаю вещи, меня надо слушать и конспектировать.

тебя надо максимум оборжать и забыть

нет, меня надо слушать и конспектировать. а тебя надо обнять и борщом накормить.

И поэтому ученые и студенты соответствующих направлений часто не умеют и не хотят программировать.

В точку! Поэтому все эти MIDAS'ы, IRAF'ы, sextractor'ы, Octave'ы и прочие пакеты с претензией на научные расчеты — жуткая тормозятина! Народ думает: ну нафига оптимизировать что-то, если я этим раз-два воспользуюсь, и все? А я вон, для морфологических операций попробовал использовать лептонику. Сначала не понял, с чего оно так долго. Потом глянул исходники и офонарел! Накатал на коленке (да, я тоже вообще не программист) алгоритм хоть немного более оптимизированный, вуаля — на порядок повысил производительность! А для файлов в 16Мпикс это очень прилично в итоге выходит. Особенно если тебе надо тысячу файлов в скрипте обработать.

В питоне есть либы, типа pandas, matplotlib и разные другие более специализированные. Работает нормально всё для широкого круга задач, но фортранчик всё равно приходится иногда использовать.

https://habr.com/post/345392/

https://habr.com/post/345392/

Столбиков (bins) маловато. Гауссовское распределение на себя не похоже.

Зависит от задачи. Есть netlogo (не питон), ESPResSo и ESPResSo++.

В основном питоном пользуются биоинформатики, но там картинки весьма специфические, обычному человеку ничего не скажут.

Главное, фортран не используй.

Да уж лучше пусть фортран использует, чем это отстойное говнище!