Как организовать хранение данных из не скольких таблиц.

Если sql, то как организовать примерно

create table table1 (
  id bigserial primary key
);

create table table2 (
  id bigserial primary key
  table1_id bigint references table1(id) unique
);

create table table3 (
  id bigserial primary key,
  table2_id bigint references table2(id),
  table3_id bigint references table3(id)
);

Поправь синтаксис под свою СУБД.

А подскажи про этой структуре при удалении данных, субд сама будет связи все удалять ? Или это самому придется все делать ?

По умолчанию если ты захочешь удалить запись, на которую ссылается другие записи, то БД выдасть ошибку. Если укажешь on delete cascade для references — то БД будет удалять сама.

Как это все лучше хранить ? В виде файлов или sql

в цитатник.