обычно он их прячет, если все переводы строки досовские,
а если и те и те, то показывает ^M,
починить просто поменять файл, чтобы или те, или те переводы строк были
> если показывает то это значит у тебя файл запоротый -- там часть строк unix'овая часть dos'овская
Не знаю как сейчас, емаксом последний раз пользовался кажется в slackware 9.1 и там все текстовые файлы с виндового раздела открывались с ^M на каждой строчке...