Это смотря что понимать под загрузчиком. Если он загружает ядро, модули ядра, подготавливает настройки для всего этого, то тут уж у каждой ОС и ФС свои заморочки.
Мне кажется загрузчику по барабану для linux он или для win (какую ОС грузить). Возможно имелось в виду для x86, ARM, MIPS,... т.д.,
Вообще-то, не совсем. Ядрам Linux и NT передаётся управление по-разному. Линуксу, например, передаётся структура с информацией от загрузчика. В протоколе multiboot тоже есть аналогичная структура, но другая. Поэтому последней стадии загрузчика не пофиг, что грузить, и даже не так сильно важна архитектура компа (но всё равно важна). Первые стадии больше зависят от архитектуры и ей действительно пофиг, какая ОС будет загружена потом.
2ТС: Думаю, под венду нет альтернативных загрузчиков, кроме ntldr и bootmgr (я не встречал, по крайней мере). Всякие grub и т.п. просто чейнлоадят их или загрузочный сектор с раздела венды.