Привести в порядок пакетную систему

А потом ты этот другой пакет удалишь и… Не занимайся глупостями %)

aptitude reinstall ~i 

или

for p in `dpkg -l | egrep '^ii' | awk '{print $2}'`; do apt-get install -y --reinstall $p ; done

В арче есть
sudo pacman -Rsn $(pacman -Qdtq)

И даже gui для управления пакетами, лучше синаптика.
С разделением пакетов на явно и неявно установленные )
Такое должно быть и в синаптике

А то я многие пакеты ставил вручную, хотя они могли бы встать и по зависимостям

Так не бывает. Если стоит зависимость, то он ставится, или пакетная система ругается.

Такое должно быть и в синаптике

Ты не поверишь но оно есть

Неужели вы так много понаставили, что нельзя просто пробежаться по истории /var/log/apt/history.log и пометить зря указанные пакеты как установленные автоматически?

Можно, конечно, написать скрипт, который будет делать так, как вы предложили (хотя проще будет просто в цикле безусловно пометить все зависимости всех пакетов как автоматически установленные - тогда непомеченными останутся лишь те, от которых никакой другой пакет не зависит) - но есть некоторый набор стандартных пакетов, составляющих базовую систему, и их трогать не стоит. Можно попытаться их отфильтровать по признаку неравенства приоритета essential, required и important, но результат не гарантирован, и можно наломать ещё больше дров. Так что лучше первый вариант.