Представьте, что у вас на флешке такие файлы:
бэкап.tar.gz
бэкап новый.tar.gz
бэкап совсем новый.tar.gz
Такая помойка немногим лучше, чем отсутствие бэкапов вообще, да и вообще флешка - носитель далеко не надёжный.
Подумал, почему бы не хранить рабочие файлы и бэкапы конфигов в Интернете. Кто какие сервисы знает? Нужно, чтобы с хранилищем можно было работать и в линукс (удобно монтируя в файловую систему), и в оффтопике, и с какого-нибудь публичного компьютера где запрёщен запуск всех программ кроме браузера.