Вопрос по бэкапу

Для начала исследуйте перечень установленного ПО и задачи, выполняемые cron

Где можно посмотреть все задачи cron?

crontab -l
Как минимум посмотри задачи от пользователя, от вебсервера и от рута

/etc/cron* /var/spool/cron/crontab/*

Нашел в /var/spool/cron/crontabs/ файл root, там следующая картина:

# DO NOT EDIT THIS FILE - edit the master and reinstall. 
# (/tmp/crontab.QDNXmR/crontab installed on Fri Oct 19 14:52:51 2012) 
# (Cron version — $Id: crontab.c,v 2.13 1994/01/17 03:20:37 vixie Exp $) 
0 1 * * 1-6 rsync -v -p -s -r -t -p -l -z -e -delete /media/work/work /media/backup/work ; chmod -R 777 /media/backup/work. 
0 1 * * 0 rsync -v -p -s -r -t -p -l -z -e /media/backup/work -delete /media/work/workweekly ; chmod -R 777 /media/backup/work/workweekly

Начал разбираться в rsync, оказывается у меня отсутствует файл /etc/rsyncd.conf Тогда вопрос, как rsync работал раньше без этого конфига?

rsync — это программа.
rsyncd — демон, реализующий протокол rsync.

Клиенту конфиг не нужен, все параметры в командной строчке передаются.

Тогда объясните пожалуйста пошагово, как настроить создание бэкапов по расписанию)

Разделяй и властвуй.

Создание бекапов по расписанию -> (создание бекапов) + (по расписанию).

(По расписанию) -> cron

(Создание бекапов) -> rsync / другой специализированный софт.

Всё есть в гугле.