Скопировать разделы в ISO

То, что ты называешь ISO, по-правильному называется Raw-образ. Не путай людей.

Чем можно сделать копию диска в ISO, чтобы отсеклось лишнее?

Сначала тебе нужно перегнать целиком образ диска из vdi в raw. Тут либо qemu-img, либо встроенная консольная тулза VBox-а (забыл название).
Потом два варианта, смотря что ты понимаешь под «отсеклось лишнее». Во-первых, можно тупо вытащить разделы как файлы, будет у тебя в итоге два файла с данными разделами. Это либо через kpartx, а потом dd, либо через 7z. Второй вариант - забить нулями неиспользуемое место и сделать sparse-файл с образом. Тут уж смотря для чего тебе всё это нужно.

Опционально, можно ли как-то закинуть на систему FAT32 файл более 4 гб?

Без костылей - нет.

Ибо хочу потом ISO этот примонтировать как флешку в DriveMount.

А какая связь?

Ну я могу еще загрузиться в какой-нибудь линь и сделать dd, что тоже вроде как работает.

А «отсеклось лишнее» я имел в виду чтобы пустое место не копировалось.

А какая связь?

На флешке в моем андроиде что-то из FAT. У меня нет флешки кроме MicroSD на 8 гб, поэтому решил использовать эту программу.

Так, давай по порядку. Ты хочешь использовать этот образ на андроиде, или у тебя просто нет под рукой нормального карт-ридера, и ты хочешь использовать телефон для этих целей?

нет под рукой нормального карт-ридера

This.

На телефоне у меня есть программа DriveMount, я обычно с помощью нее монтирую образы.

А «отсеклось лишнее» я имел в виду чтобы пустое место не копировалось.

dump закатает в один файл всю файловую систему, с сохранением всех атрибутов файлов. Пустое место трогать не будет. Потом, командой restore можно всю файловую систему, со всеми атрибутами восстановить. Но запускать dump придется из под архивируемой виртуалки.