Ubuntu 16.04.2 LTS - удалить весь софт?

это фича унбунты - по дефолту самый мусорный DE в котором 90% - ненужное, хочешь чистоты - возьми базовую часть дистра из которого у линукса ноги растут, в консоли появится apt - установишь только самое необходимое...

Тему не читай, сразу отвечай. Он про сервер спрашивает.

Нет доступа к машине.

Всё верно.

man apt

man apt-get

man apt-cache

Даже ssh?

про сервер спрашивает

пардон - сервер, не догнал что к нему нет физического доступа...

Есть.. К операционной системе есть рутовый доступ.

Попробуй через tasksel удалить всё кроме базовой системы, а потом руками установить что нужно. Давно убунты не видел, но вроде так должно быть проще.

Можно как-то вернуть систему в первозданный вид без переустановки

То, что тебе ставит хостер — и есть первозданный вид из его образа.

Удалить LAMP, прочую переферию?

apt-get purge.

в консоли аналог десктопного менеджера приложений

dpkg, aptitude.

Возьми aptitude и запусти без параметров - это будет интерактивный режим. Пользоваться можно.

это фича унбунты - по дефолту самый мусорный DE

ставит Ubuntu с кучей «лишнего» софта (Apache, MYSQL...)

ты здоров? где тут софт DE?

Есть.. К операционной системе есть рутовый доступ.

тебе уже намекнули
вопрос: а зачем тебе:

Хостинг компания на VPS

если ты элементарщину не хочешь познать?

tasksel попробуй

apt-mark showmanual для получения списка пакетов, которые установлены вручную. Удалять ненужные с apt-get autoremove для удаления зависимостей, которые не нужны другим пакетам, либо выполнить apt-get autoremove в конце очистки.

dpkg -l

И смотреть что тебе нужна и что нет.

А я бы вообще не трогал предустановленное. Копай лучше в сторону загрузки ;)

Хостинг компания на VPS по умолчанию ставит Ubuntu с кучей «лишнего» софта (Apache, MYSQL...)

У тех, с которыми сталкивался, обычно был выбор: совсем минималка или LAMP. Может, ты не тот образ выбрал? А возможности ставиться со своего образа у твоего хостера разве нет?

это не виртуал зенитара, случаем?