Позиционирование ярлыков в меню GNOME 3

переименуй.

Я понимаю что там сортировка по имени, но можно ли как-то изменить алгоритм или указать какой-то приоритет размещения?

не знаю. гляди в .desktop-файлах. например, есть параметр Name, а есть GenericName. ещё можно обозвать сам файл, а можно — иконку!

Во вкладке «все» чтобы были не в разброс

Они не вразброс, а по алфавиту.

расставить так как мне нужно

Не нужно, ибо во вкладке «Frequent» они располагаются согласно твоей активности.

располагаются согласно твоей активности

Иными словами летают туда-сюда...

Может я некорректно выразился. А как назвать, когда чем чаще используется программа, тем ближе она к началу списка?

Правильно ты выразился, но на практике выходит, что ярлыки постоянно меняются местами в подобных меню...

Когда активно пробуешь разные программы и не удаляешь их, то да, страница захламляется, но когда ты определился и спокойно работаешь, то никакого движения я не замечаю, нужное всегда на своем месте вначале списка, а далее всякое менее используемое, которое пропадает из списка вообще, если долго не использовать.