Э-э-э, а мне казалось, что официальный клиент телеграмма telegram-desktop, а у тебя что это — Telegram? Это какой-то другой телеграм? А вроде бы для Дебиана в репозитории есть клиент - можно взять.
$ aptitude search telegram
p telegram-desktop - official telegram messaging app
Ок, запусти из терминала /opt/Telegram/Telegram -startintray. Что пишет? Может у этого телеграма нет такой опции?
Суть в том, что по общепринятому соглашению -- означает окончание списка опций. Следующие аргументы будут восприниматься как имена файлов, даже если они начинаются с -. Поэтому если нужно добавлять опции, нужно это делать до --.
Странно, что нет такой галки в самом приложении. Или есть? Если нет, то я могу сказать, что тогда несколько странное у разработчиков преставление о user experience, потому что многие захотят именно стартовать только в Tray. Упрятывать этот параметр в командную строчку, в которую обычный пользователь даже не заглянет — это как-то не очень.