В чем разница лично для вас? Какими свойствами обладает скрипт? На каком этапе скрипт перестает быть скриптом и превращается в полноценную программу? Или для вас эти понятия равноценны?
Для себя решил, что скрипт это мелкая программка, которая может выполнять как одну задачу, так и несколько разноплановых, но не выходит за пределы одного файла. А программа это уже что-то более серьезное, как минимум на несколько файлов. Но как-то больше ничего в голову не пришло.