rsync как перечислить много папок?

rsync -aR путь/папка1 путь2/папка2 путь3/папка3 /мойкомп/папка1

Ну и опции include и exclude посмотри.

rsync -zaPR –update –delete –progress ‘-e ssh -p 22’ root@111.211.231.111:/etc/csf /etc/dovecot /etc/fail2ban /etc/opendkim /etc/pki /etc/postfix /etc/ssh /etc/ssl /root/.ssh /usr/local/cwp/ /usr/local/apache/ /usr/local/cwpsrv/ /home/temp/cwp-backup /home/user/cwp-backup

вот так прально?

root@111.211.231.111:/etc/csf /etc/dovecot

Первое будет взято с удалённой машины, второе — с локальной.

Тебе нужно указывать хост всем удалённым мамкам.