Как добавить задержку к программе в меню?

Не проверял:

/bin/bash -c "sleep 5 && exec skypeforlinux"

Возможно аргументы bash нужно будет вынести в соответствующее поле.

Сначала на ошибки при старте надо смотреть.

Я в .desktop файле (ярлычке) программы которой нужна задержка прописываю. У кед в автостарте как раз .desktop файлы и лежат.

Exec=sleep 10 && /path/to/programm/programm_name

Так может разобраться, почему он сразу закрывается?

А как это сделать? Если я в консоли вызываю руками все норм, впрочем как и через иконку руками, там тоже все норм.

так вместо самого бинарника стартовать скрипт как описали выше + ошибки перенаправить в файл

bla bla …/skypeforlinux 2> error.log

Скайп почему-то при запуске вместе с системой, сразу закрывается

Он в автозагрузке прописан или ты кликаешь ярлык когда ещё рабочий стол грузится?

Там в логах ничего нет, увы.

Да, так и сделал, но вот как у тебя не работает, но если сделать как предложили выше, то норм. Итого, для отложенного запуска Skype нужно создать файл /home/$USER/.config/autostart/Skype.desktop и там записать:

[Desktop Entry]
Name=Skype
Comment=Skype Internet Telephony
Exec=/bin/bash -c 'sleep 15 && exec skypeforlinux'
Icon=skypeforlinux
Terminal=false
Type=Application

При том категориечски нельзя обзывать файл именем skypeforlinux.desktop так как файл с таким именем Skype при запуске перезатирает, возможно в этом кстати и проблема с автозапуском, что он ломает сам себя. В настройках самого скайпа автозапуск должен быть выключен!

Спасибо, твой вариант оказался рабочим, прописал в автозапуск такую команду и все пучком.