mplayer video.mp4 -audiofile audio.ogg

-sub sub.srt

> Отдельными файлами в той же папке есть английские субтитры и английская звуковая дорожка.

1) Убедись, что имена файлов имеют вид $Name.mkv, $Name.srt, $Name.ogg

mplayer

2) j и shift+3 должны помочь переключить и то и другое (циклически, по кругу)

thanks =)

Еще можно взять mkvtoolnix и зашить все это внутрь матрешки.

В настройки похвата субтитров, точнее совпадения имен файлов - м.б. полное или частичное. Прямо сейчас не подскажу - с работы.