Может это как-то связано с DPI? На компе с виндой и 72 DPI и новой версией блендера - у него огромные кнопки, еле в экран панели влезают (1680x1050), а на другом компе DPI ближе к 100 (1400x1050x15"), линукс и старая версия блендера - кнопочки адекватного размера, всё клёво.
Чё бы такого покрутить?