Доброго времени суток! У меня такая проблема, я регулярно использую Compose-клавишу для ввода спец-символов с собственным набором комбинаций, заданных в ~/.XCompose, чтобы эти комбинации работали, нужно выбирать в контекстом меню поля ввода «Метод ввода» → «Метод X Input», чтобы этого каждый раз не делать я задал через утилиту im-switch метод ввода xim по умолчанию, и даже в /etc/environment прописал:
GTK_IM_MODULE=xim; export GTK_IM_MODULE
QT_IM_MODULE=xim; export QT_IM_MODULE