Софт для подписи и шифрования

шифрование и гуй - вещи перпендикулярные

ладно, давайте то, что работает в shell. )

openssl и gpg

Для создания ключей — seahorse, для шифрования/подписи есть модуль для nautilus — seahorse-nautilus.

с GUI ес-сно.

на тебе с гуем

gnupg, для почты есть enigmail (расширение к thunderbird)

Короче, я понял - надо учить матчасть.
По теме это необходимо для подачи заявок на выдачу патента электронным путем. Документы подписываются этой программой, которая использует сертификаты (.cer), выданные фирмой-провайдером криптографии (если я правильно выражаюсь).

Я правильно понял, что все это делается через GPG/PGP?

Просто нету особо времени разбираться во всем этом.